Der Zahn wird örtlich betäubt, danach werden das Zahnfleisch und die Knochenhaut durchtrennt und das weiche Gewebe so weit zurückgeklappt, dass der Knochen frei zugänglich ist. Unter Kühlung wird mit einer speziellen Knochenfräse der Knochen soweit abgetragen, bis die Wurzelspitze und das entzündete Gewebe frei liegen. Nun wird die Wurzelspitze um zwei oder drei Millimeter gekürzt, damit werden die fein verästelten Ausläufer des Wurzelkanals in diesem Bereich möglichst vollständig entfernt.

Nach der Entfernung des entzündeten Gewebes und der Reinigung der Knochenhöhle wird das Weichgewebe vernäht und zur späteren Kontrolle ein Röntgenbild angefertigt. Die Zahnkrone wird provisorisch verschlossen und nach der Wundheilung endgültig versorgt.